HPC联盟为局势研究注入了437 petaflops的计算能力

发布时间：2020-05-29 11:04:13 【来源：】

3月，IBM与白宫科学技术政策办公室一起宣布，它将帮助协调努力，为研究冠状病毒的科学家提供数百petaflops的计算能力。作为新推出的当前局势高性能计算(HPC)联盟的一部分，该公司承诺将协助评估提案并为“产生最直接影响”的项目提供资源。

将近两个月后，IBM声称这些努力开始取得成果。

IBM本周宣布，英国研究与创新(UKRI)和瑞士国家超级计算机中心(CSCS)将加入当前局势 HPC联盟，从而提供包括爱丁堡大学的ARCHER在内的机器。科学技术设施理事会的DIRAC;生物技术和生物科学研究委员会的厄勒姆研究所;根据超级计算机500强排名，世界排名第六的超级计算机Piz Daint。借助这些新功能，科学家可以利用财团40个合作伙伴拥有和运营的硬件，利用超过437 petaflops(每秒430万亿浮点运算)的计算能力(高于3月中旬的330 petaflops)。

IBM公司表示，超过59个项目，在美国，德国，印度，南非，沙特阿拉伯，克罗地亚，西班牙，英国和其他国家已经从谷歌云，亚马逊网络服务，微软的Azure，IBM，十几超级计算机相匹配免费的学术和非营利研究机构。(根据IBM的说法，计算能力的千万亿美元通常在200万美元至300万美元之间。)总体而言，它们运行在113,000个节点上，这些节点包含420万个处理器内核和43,000多个图形卡。

强大的计算机使研究人员能够进行流行病学，生物信息学和分子模型的大量计算，其中许多计算在传统计算平台上将花费数月时间(如果需要人工操作则需要一年)。实验产生的见解可以帮助人们从关键方面提高对当前局势的理解，例如病毒与人之间的相互作用，病毒的结构和功能，小分子设计，药物用途以及患者的轨迹和结果。

犹他大学附属的研究人员利用该联盟的计算机生成了2000多个与当前局势相关的化合物的分子模型，并根据力场能量估计值对它们进行了排序，他们的理论认为可以帮助设计出更好的新型冠状病毒阻止肽抑制剂酶。同时，IBM Research Europe与牛津大学的科学家合作，将分子模拟与AI相结合，以发现可能被重新用作抗当前局势药物的潜在化合物。一对NASA研究人员正在通过对发生急性呼吸窘迫综合征的当前局势患者进行基因组分析来确定风险组。不甘示弱

在方程式的私人部门方面，总部位于加尔各答的Novel Techsciences希望利用财团的资源从印度3,000多种药用植物和抗病毒植物提取物中鉴定出植物化学物质，这些植物提取物可能充当抗当前局势的天然药物。总部位于伦敦的AI化学初创公司PostEra的Moonshot项目已经分离出约21种针对与冠状病毒相关的关键蛋白的设计。由AI创业公司Kuano牵头的另一项努力旨在搜集与当前局势类似的疾病信息，以开创一种可以击败冠状病毒的新药，而总部位于德国的Innoplexus希望发现可以对抗COVID- 19

今天的更新是在新闻发布之前，有消息称科学家在世界上最快的超级计算机橡树岭国家实验室的IBM峰会上模拟了8000种不同分子如何与当前局势相互作用，从而分离出77种可能使该病毒无法感染宿主细胞的化合物。在其他地方，天津国家超级计算机中心的天河一号超级计算机最近用于处理由计算机断层扫描生成的数百幅图像，并在几秒钟内做出诊断。由德国三个国家超级计算中心组成的联盟高斯超级计算中心表示，它将帮助从事当前局势研究的人员获得对计算资源的快速访问。

最近，世界上最大的两个众包超级计算程序Folding @ home和Rosetta @ home发起了一些行动，以揭示当前局势刺突蛋白背后的奥秘，该病毒用于感染细胞。自从今年早些时候宣布关注当前局势以来，成千上万的志愿者加入了这项工作。截至3月，仅Folding @ home网络就已经运行了数百万亿浮点运算(每秒1百万个浮点计算)的分布式计算性能，超过了联盟的任何计算机。

大流行之前，已经使用超级计算机来识别和测试复杂和慢性疾病的治疗方法。研究人员利用了德克萨斯高级计算中心的Lonestar5集群来模拟1400多种FDA批准的药物，看看它们是否可以用于治疗癌症。去年，整个欧盟都选择了八个超级计算中心来托管个性化医学和药物设计的应用程序。最近，制药公司TwoXAR最近与斯坦福大学亚洲肝脏中心合作，筛选了25,000种成人肝癌候选药物。

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